Một kế hoạch xác định các cấu trúc protein đầy tham vọng và hao tiền tốn của đã bước sang giai đoạn hai vào tuần trước khi National Institutes of Health (NIH) thông báo chi xấp xỉ 300 triệu USD cho các phân bổ mới. Dự án giải mã cấu trúc protein (Protein Structure Initiative, PSI) nhằm xác định cấu trúc trên 5000 protein mới công bố trên trên cơ sở dữ liệu công cộng.
Khoảng 200 triệu USD sẽ được chi cho bốn trung tâm quy mô lớn (giống như các trung tâm giải trình tự bộ gene người) để xác định các cấu trúc protein nhanh nhất tới mức có thể. Đó là công việc chuyên sâu trong phòng thí nghiệm: chỉ mới đây, có thể mất tới 1 năm để xác định cấu trúc của 1 protein. Phần còn lại chi cho sáu trung tâm ìchuyên dụng” để tập trung xác định cấu trúc của hầu hết các protein khó xác định nhất.
PSI đã tiến hành dự án thí điểm từ 5 năm trước nhằm nâng khoa học protein lên một tầm cao mới. Cấu trúc protein có thể mang lại ánh sáng cuối đường hầm cho các cơ chế phân tử thông thường cũng như dị biệt và làm thế nào mà các loài khác nhau từ vi khuẩn đến người lại có những đặc trưng sinh học chung. Nhưng chính các nhà nghiên cứu đã làm nóng lên kế hoạch ban đầu. Họ thấy rằng khám phá nhanh cấu trúc của từng protein tách biệt cho phép nhận diện một phần rất nhỏ chức năng của chúng.
Sự mở rộng của PSI vấp phải trở ngại khác trong năm nay, khi ngân sách eo hẹp của NIH buộc ngân quỹ dành cho PSI giảm từ 75 triệu USD xuống còn 60 triệu USD một năm (so với 68 triệu USD mỗi năm trong hai năm cuối của dự án thí điểm). Giám đốc PSI, John Norvell thuộc National Institute of General Medical Sciences nói ìChúng tôi phải giảm bớt tài trợ cho các trung tâm”. Trong 5 năm tới, bốn trung tâm quy mô lớn sẽ nhận được 9 đến 10 triệu USD một năm, con số này với các trung tâm chuyên biệt là 3 đến 4 triệu USD.
Những người nhận tài trợ nói rằng họ đang cố giảm giá cả xuống. Lance Stewart, phó chủ tịch công ty deCODE Biostructures ở Bainbridge Island, Washington đồng thời là lãnh đạo của một trong các chung tâm chuyên biệt nói ìMục đích của chúng tôi là chi ít hơn 10.000 USD cho mỗi protein được xác định cấu trúc”. Ông ta nói, hiện nay để xác định cấu trúc của các protein vi khuẩn cần chi 100.000 USD; số tiền gấp tới 10 lần đối với các protein phức tạp hơn của.
Với trên 1100 cấu trúc protein đã xác định được (hầu hết trong số chúng là vi khuẩn), PSI hiện tại quan tâm đến ìcác tham vọng cao hơn”, Norvell nói. Những nhà nghiên cứu đồng ý rằng sẽ không dễ. Gaetano Montelione, Rutgers University ở Piscataway, New Jersey, người điều hành Northeast Structural Genomics Consortium, nói tỷ lệ xác định thành công cấu trúc một protein eukaryote là 1%, so với 10% của vi khuẩn bởi protein của eukaryote không phát triển tốt trong vi khuẩn Escherichia coli, (phương pháp thường dùng để tinh sạch chúng).
Montelione hy vọng đẩy nhanh tốc độ xác định protein eukaryote, và trung tâm quy mô lớn do ông đảm trách sẽ tập trung vào các mạng lưới protein liên quan đến ung thư. Danh sách các cấu trúc cần xác định của Montelione luôn dành ưu tiên cho các protein điều khiển sự phát triển của khối u.
Nguyễn Xuân Hưng (Theo Science 8 July 2005: 230)
